砂礫泵在處理雜質顆粒較多的漿料例如清除泥漿時，可以在進水口處放置一張過濾網，這樣能夠減少進入泵體的雜質顆粒，減小卡泵的幾率，延長砂礫泵的使用壽命。砂礫泵的使用時間不宜過長，如果有備用泵，最好采取輪流作業的形式工作。
砂礫泵在工作過程中，應當將泵體放置在地面上，保持泵體的穩定。如果是泥漿泵或液下砂礫泵等需要水下工作的砂礫泵，則受限于其結構必須將泵放置入水中，這時需將電機放置在水面上并進行固定，保持砂礫泵的穩定。
砂礫泵中有部分采用了機械密封，這類砂礫泵的使用必須保證軸封水的供應，并嚴禁無水狀態下運行，避免因干磨而導致機械密封的燒毀。一般來說，機械密封的砂礫泵在使用前就應當接通軸封水，而在停泵后還應至少保持3分鐘以上的供水。